L'imposta ipotecaria viene applicata in caso di iscrizione, annotazione, trascrizione e rinnovazione nei pubblici registri immobiliari a seguito di successione, compravendita, donazione, costituzione di diritti reali quali l'usufrutto, costituzione di diritto ipotecario sull'immobile.
L'importo dell'imposta ipotecaria è calcolato sulla base imponibile determinata ai fini dell'imposta di registro, mentre è su base fissa per i soggetti esenti dall'imposta di registro. Sono tenuti al pagamento dell'imposta ipotecaria i soggetti che richiedono la formalità dell'atto; sono inoltre ritenuti obbligati al pagamento i soggetti interessati dall'atto o i debitori contro cui è stata elevata l'ipoteca.
L'aliquota abituale è fissata al 2 per cento, ma varia a seconda dell'immobile oggetto di registrazione: è del 3 per cento, invece, per fabbricati strumentali soggetti a IVA o per immobili in piani urbanistici particolareggiati. Si scende all'1 per cento per i rinnovi ipotecari e allo 0,50 per cento per le cancellazioni ipotecarie.
Per gli atti che comportano il trasferimento di immobili, di diritti reali o di godimento sull'immobile, di trascrizione per successioni, l'ufficio competente alla riscossione dell'imposta ipotecaria è l'Agenzia delle Entrate della città in cui fisicamente esiste l'immobile. In tutti gli altri casi, gli uffici dei registri immobiliari hanno la competenza per l'applicazione dell'imposta ipotecaria.
Sono esenti dal pagamento dell'imposta ipotecaria gli atti redatti e registrati nell'interesse dello Stato; sono inoltre esenti le trascrizioni per successioni e donazioni a favore di Comuni, Provincie, Regioni, Onlus, enti e associazioni con finalità di pubblica utilità.
I controlli nei casi di accertamento e liquidazione dell'imposta ipotecaria, modalità e termini di riscossione dell'imposta, erogazione di sanzioni, vengono applicate le stesse disposizioni previste per l'imposta di registro.
L'arrotondamento per le imposte a misura proporzionale avviene all'unità di euro per eccesso: per esempio, nel caso di 0,49 cent, l'arrotondamento passa a 1 euro, come da disposizione del Decreto del Presidente della Repubblica n. 308 del 2000. Per tutte le altre disposizioni, l'imposta ipotecaria è regolata dal Decreto Legislativo n. 347/1990, contenente il Testo Unico delle disposizioni concernenti le imposte ipotecaria e catastale.
